Trans JOGJA diresmikan pada tahun 2008, digunakan untuk membantu kemudahan transportasi dalam kota Jogja. Bus ini mempunyai beberapa rute sebagai berikut :
Line 1A
Terminal Prambanan – S5. Kalasan – Bandara Adisucipto – S3. Maguwoharjo – Janti (bawah) – S3. UIN Kalijaga – S4. Demangan – S4. Gramedia – S4. Tugu – Stasiun Tugu – Malioboro – S4. Kantor Pos Besar – S4. Gondomanan – S4. Pasar Sentul – S4. SGM – Gembira Loka – S4. Babadan Gedongkuning – JEC – S4. Blok O – Janti (atas) – S3. Maguwoharjo – Bandara Adisucipto – S5. Kalasan – Terminal Prambanan.
Line 1B
Terminal Prambanan – S5. Kalasan – Bandara Adisucipto – S3. Maguwoharjo – Janti (lewat bawah) – S4. Blok O – JEC – S4. Babadan Gedongkuning – Gembira Loka – S4. SGM – S4. Pasar Sentul – S4. Gondomanan – S4. Kantor Pos Besar – S3. RS.PKU Muhammadiyah – S3. Pasar Kembang – S4. Badran – Bundaran SAMSAT – S4. Pingit – S4. Tugu – S4. Gramedia – Bundaran UGM – S3. Colombo – S4. Demangan – S3. UIN Sunan Kalijaga – Janti – S3. Maguwoharjo – Bandra Adisucipto – S5. Kalasan – Terminal Prambanan.
Line 2A
Terminal Jombor – S4. Monjali – S4. Tugu – Stasiun Tugu – Malioboro – S4. Kantor Pos Besar – S4. Gondomanan – S4. Jokteng Wetan – S4. Tungkak – S4. Gambiran – S3 . Basen – S4. Rejowinangun – S4. Babadan Gedongkuning – Gembira Loka – S4. SGM – S3. Cendana – S4. Mandala Krida – S4. Gayam – Flyover Lempuyangan – Kridosono – S4. Duta Wacana – S4. Galeria – S4. Gramedia – Bunderan UGM – S3. Colombo – Terminal Condongcatur – S4. Kentungan – S4. Monjali – Terminal Jombor.
Line 2B
Terminal Jombor – S4. Monjali – S4. Kentungan – Terminal Condong Catur – S3. Colombo – Bundaran UGM – S4. Gramedia – Kridosono – S4. Duta Wacana – Fly-over Lempuyangan – S4. Gayam – S4. Mandala Krida – S3. Cendana – S4. SGM – Gembiraloka– S4. Babadan Gedongkuning – S4. Rejowinangun – S3. Basen – S4.Tungkak – S4. Joktengwetan – S4. Gondomanan – S4. Kantor Pos Besar – S3. RS PKU Muhammadiyah – S4. Ngabean – S4. Wirobrajan – S3. BPK – S4. Badran – Bundaran SAMSAT – S4. Pingit – S4. Tugu – S4. Monjali – Terminal Jombor.
Line 3A
Terminal Giwangan – S4. Tegalgendu – S3. HS-Silver – Jl. Nyi Pembayun – S3. Pegadaian Kotagede – S3. Basen – S4. Rejowinangun – S4. Babadan Gedongkuning – JEC – S4. Blok O – Janti (lewat atas) – S3. Janti – S3. Maguwoharjo – Bandara ADISUCIPTO – S3. Maguwoharjo – Ringroad Utara – Terminal Condongcatur – S4. Kentungan – S4. MM UGM – S4. MirotaKampus – S3. Gondolayu – S4. Tugu – S4. Pingit – Bundaran SAMSAT – S4. Badran – S3. PasarKembang – Stasiun TUGU – Malioboro – S4. Kantor Pos Besar – S3. RS PKU Muhammadiyah – S4. Ngabean – S4. Jokteng Kulon – S4. Plengkung Gading – S4. Jokteng Wetan – S4. Tungkak – S4.Wirosaban – S4. Tegalgendu – Terminal Giwangan.
Line 3B
Terminal Giwangan – S4. Tegalgendu – S4. Wirosaban – S4. Tungkak – S4.Jokteng Wetan – S4. Plengkung Gading – S4. JoktengKulon – S4. Ngabean – S3. RS PKU Muhammadiyah – S3. Pasar Kembang – S4. Badran – Bundaran SAMSAT – S4. Pingit – S4. Tugu – S3. Gondolayu – S4. Mirota Kampus – S4. MM UGM – S4. Kentungan – Terminal Condong Catur – Ringroad Utara – S3. Maguwoharjo – Bandara Adisucipto – S3. Maguwoharjo – JANTI (lewat bawah) – S4. Blok O – JEC – S4. Babadan Gedongkuning – S4. Rejowinangun – S3. Basen – S3. Pegadaian Kotagede – Jl.Nyi Pembayun – S3. HS-Silver – S4. Tegalgendu – Terminal Giwangan.
Line 4A
Terminal Giwangan – Tamansiswa – Pakualaman – Lempuyangan – Kridosono – Terminal Giwangan – Jl. Imogiri Timur – Jl. Pramuka – Jl. Perintis Kemerdekaan – Jl. Menteri Supeno – Jl. Taman Siswa – Jl. Sultan Agung – Jl. Gadjah Mada – Jl. Hayam Wuruk – Stadion Kridosono – Jl. Hayam Wuruk – Jl. Gadjah Mada – Jl. Sultan Agung – Jl. Taman Siswa – Jl. Menteri Supeno – Jl. Perintis Kemerdekaan – Jl. Pramuka – Jl. Imogiri Timur – Terminal Giwangan.
Line 4B
Terminal Giwangan – XT Square – SGM – Balaikota – UIN – Kridosono – Balai Yasa – UIN – Terminal Giwangan – Jl. Imogiri Timur – Jl. Pramuka – Jl. Perintis Kemerdekaan – Jl. Veteran – Jl. Pandean – Jl. Glagahsari – Jl. Kusumanegara – Jl. Sidobali – Jl. Ipda Tut Harsono – Jl. Urip Sumoharjo – Jl. Sudirman – Jl. Suroto – Jl. Wardani – Jl. Kusbini – Jl. Langensari – Jl. Urip Sumoharjo – Jl. Ipda Tut Harsono – Jl. Sidobali – Jl. Kusumanegara – Jl. Glagahsari – Jl. Pandean – Jl. Veteran – Jl. Perintis Kemerdekaan – Jl. Pramuka – Jl. Imogiri Timur – Terminal Giwangan
